DNAは、周囲のさまざまなタンパク質やRNA等と複合体であるクロマチンを形成し、エピジェネティック制御や転写制御に深く関わっています。クロマチンとその遺伝子制御メカニズムを正しく理解するためには、注目する遺伝子座領域に結合する多くの分子を同定し機能を解明する必要があります。ところが、特定の遺伝子座領域に結合している分子を同定する方法は、従来存在しませんでした。

DNA塩基配列の変異は、がんをはじめとする難治性疾患の発症や予後に深くかかわっていることが知られています。これらの変異を検知する方法はPCRをはじめとして既に存在しますが、きわめて希少な配列を検知するには、感度やコスト高などの問題が指摘されています。