ORNi-PCR法による希少な遺伝子配列の検出
Science & Technologies
Wisteriagenの研究・技術
DNA塩基配列の変異は、がんをはじめとする難治性疾患の発症や予後に深くかかわっていることが知られています。これらの変異を検知する方法はPCRをはじめとして既に存在しますが、きわめて希少な配列を検知するには、感度やコスト高などの問題が指摘されています。
Wisteriagenが保有するoligoribonucleotide interference-PCR (ORNi-PCR) は、従来法の問題点を一掃する高感度、安価で応用自由度の高い分析法です。
ORNi-PCRとは、特定のDNA配列に相補的な17-29塩基配列のRNAによって、当該DNA配列のPCRを阻害する手法です。ORNi-PCRは、変異の入ったDNAのような希少な配列を検出する際、妨げとなるメジャーな配列の増幅を抑えることができ、高感度で簡便なPCRが実現できます。ORNi-PCRでは、阻害したいDNA配列と想定される変異箇所がわかっていれば、変異配列そのものに関する情報は必要ありません。これまでの検討によると、ORNi-PCRは一塩基変異であっても、十分な感度と高い正確性で検出可能であることがわかっており、ゲノム編集、DNAメチル化検出、リキッドバイオプシーや細菌叢解析などに応用可能であることを示しています。
原著論文
-
Fujita T, Nagata S, Fujii H: Oligoribonucleotide-mediated blockade of DNA extension by Taq DNA polymerases increases specificity and sensitivity for detecting single-nucleotide differences. Anal. Chem. (2023) 95, 3442-3451.
Link -
Fujita T, Nagata S, Fujii H: Protein or ribonucleoprotein-mediated blocking of recombinase polymerase amplification enables the discrimination of nucleotide and epigenetic differences between cell populations. Commun. Biol. (2021) 4, 988.
Link -
Fujita T, Nagata S, Yuno M, Fujii H: Sequence-specific inhibition of reverse transcription by recombinant CRISPR/dCas13a ribonucleoprotein complexes in vitro. Biol. Methods Protoc. (2021) 6, bpab009.
Link -
Shimizu T, Fujita T, Fukushi S, Horino Y, Fujii H: Discrimination of CpG methylation status and nucleotide differences in tissue specimen DNA by oligoribonucleotide interference-PCR. Int. J. Mol. Sci. (2020) 21, 5119.
Link -
Baba K, Fujita T, Tasaka S, Fujii H: Simultaneous detection of the T790M and L858R mutations in the EGFR gene by oligoribonucleotide interference-PCR. Int. J. Mol. Sci. (2019) 20, 4020.
Link -
Fujita T, Motooka D, Fujii H: Target enrichment from a DNA mixture by oligoribonucleotide interference-PCR (ORNi-PCR). Biol. Methods Protoc. (2019) 4, bpz009.
Link -
Fujita T, Yuno M, Kitaura F, Fujii H: A refined two-step oligoribonucleotide interference-PCR method for precise discrimination of nucleotide differences. Sci. Rep. (2018) 8, 17195.
Link -
Fujita T, Yuno M, Kitaura F, Fujii H: Detection of genome-edited cells by oligoribonucleotide interference-PCR. DNA Res. (2018) 25, 395-407.
Link -
Tanigawa N, Fujita T, and Fujii H: Oligoribonucleotide (ORN) interference-PCR (ORNi-PCR): a simple method for suppressing PCR amplification of specific DNA sequences using ORNs. PLoS One (2014) 9, e113345.
Link
総説
-
Shimizu T, Fujita T, and Fujii H: Oligoribonucleotide interference-PCR: principles and applications. Biol. Methods Protoc. (2022) 7 (1), bpac010.
Link
